如何用Gaussian確認物質結構及作IR分析
在上一篇文章，如何用Gaussian看波函數，我提到注意！此分子的波函數不會是現實中分子的波函數，因為他可能結構有異，或是因為在現實中他是在水溶液環境中，(Gaussian預設為在真空中氣體分子的互動)。其實在文章中，你也能很明顯看出COOH鍵結的不尋常角度。
那我們要怎麼優化化學分子的結構呢？
1. 用GaussView開啟想要看的分子，chk檔，GJF檔，LOG檔皆可
2. 然後點擊Gaussian calculation setup(快捷ctrl+G)
3. 選取Opt/Freq，即Optimization&Frequency，然後點選左下角的Submit，後面參數先不用調整。
4. 等待G09計算，計算完成即可關閉G09，此時開啟chk檔
左側log檔為，優化後的結構，就是分子在氣態下實際的長相。
中間gjf檔為，原先自行繪出的結構
右側chk檔為，優化過後的結構且保留運算方法，這個才是IR分析要的！
觀察磁碟大小，也可以明顯發現chk檔檔案較大
5. 關閉gjf檔與log檔，對著chk檔，選取Results>Vibrations
此視窗，直接點選OK即可
IR圖與頻譜分析就出來囉！
圖中的振動頻率分析相當重要，因為G09本身計算問題，所以可能導致，即使是優化過了，仍會輸出非穩定且具有虛頻的結構，唯有頻律皆存在的才是物質穩定的結構。
那該如何調整結構至穩定態呢？請待後續文章揭曉
此處，可以點Start Animation觀看分子震動動畫。可以加速、加振福或是顯示向量。
不說啦！我先抖一波啦！
注意！此處的數據仍會與現實產生誤差，因為溶液環境還沒調整過。
那該如何調整環境呢？請待後續文章揭曉。
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